Posibilities in urinary concretion analysis

Abstract:

Introduction:

Analysis of the chemical concretion composition is an inseparable part of managing a patient with urolithiasis. The exact results are essential for correctly identifying processes in the urine and metabolic abnormalities.

Material and methods:

Urinary concrements had a human origin and were gained after urination after lithotripsy. In all samples of human urinary concretions, morphological signs were analysed. Subsequently, the samples were specially processed and analysed. We utilised spectroscopic methods – infrared (FITR) and Raman spectroscopy (RAMAN), powder X-ray diffraction analysis (PXRD) and electronic microscopy (SEM) and microanalysis (EDS).

Results:

Internal and external structures of homogenous and mixed calcium-oxalate concretions were described. Based on molecular vibrations and their intensity identified by FTIR, a homogenous whewellit was detected. Data gained by the method RAMAN pointed to the presence of dahllit. Struvite was seen with the classification of interplanar distances and their intensity concerning the Miler index. Via images, crystal shapes of weddellit were observed. High content of Ca, O, and N and their distribution in the sample were detected by microanalysis.

Discussion and conclusion:

FTIR might be considered the gold standard for routine analysis of urinary concretions thanks to its easy maintenance, speed, and preciseness compared to the chemical titration method. RAMAN, PXRD and EDS are more precise methods, but samples‘ measurement and preparation last longer, and the process is more financially demanding.

Keywords: urinary concrements, infrared spectroscopy, powder diffraction analysis, electron microscopy, electron microanalysis

*A rare case of autochthonous human dirofilariasis with the manifestation of pseudotumor of the epididymis caused by helminth Dirofilaria repens

Úvod

Súčasťou manažmentu pacienta s urolitiázou je evaluácia extrahovaných alebo spontánne vylúčených močových konkrementov. Toto hodnotenie má byť dostatočne presné na to, aby sa dokázala prítomnosť majoritných zložiek konkrementu. Konkrementy môžu byť analyzované z hľadiska chemického zloženia, tvaru kryštálov, farby, tvrdosti a morfológie(1).
Vlastnosti konkrementov úzko súvisia s  prevládajúcim rizikovým faktorom, preto je pre liečbu pacientov s urolitiázou potrebné vykonať analýzu správne. Konkrementy môžu byť chemicky aj morfologicky homogénne alebo pozostávajú z viacerých frakcií. Homogénne konkrementy sú výsledkom jednoduchších procesov odohrávajúcich sa v prostredí s konštantnými vlastnosťami. Viaczložkové konkrementy vznikajú v prostredí s variabilnejšími vlastnosťami. Výsledný charakter konkrementu je závislý od charakteru prostredia, v ktorom konkrement vzniká, a od jeho variability v čase. Evaluácia jednotlivých frakcií viaczložkových konkrementov môže odhaliť problém (metabolickú zmenu), ktorý bol vyšetrením krvi alebo moču nezistený. Presnou analýzou konkrementu dokážeme lepšie určiť rizikové faktory vzniku urolitiázy. Vo vzťahu k rizikovým faktorom dokážeme určiť rizikové potraviny a následne upraviť stravovacie návyky tak, aby nedochádzalo k recidívam(1,2).
Prevažné množstvo laboratórií na Slovensku aj vo svete používa zastaranú chemickú titračnú analýzu. Pri vysokej miere nepresností a chýb dochádza často k nesprávnemu určeniu chemického zloženia konkrementu (viac ako 50 % konkrementov je určených chybne)(2).

Materiál a metodika

Všetky vzorky majú humánny pôvod. Nie sú známe bližšie údaje o pacientoch.
Morfologické štúdie. Konkrementy boli pozorované bino-kulárnou lupou Nikon SZM 1500 s SD-Fi2 kamerou s maximálnym zväčšením 11,25x z vonkajšej, po sekcii konkrementu z vnútornej strany pri odrazenom svetle.
Infračervená spektroskopia (FTIR). Vzorky boli homogenizované na prášok. Výsledkom merania je spektrum s charakteristickými molekulovými vibráciami, ktoré sa prejavujú ako absorpčné pásy. Spektrálny záznam bol vyhotovený prístrojom Nicolet iS50 v rozmedzí 4 000 – 400 cm–1 použitím tech-niky zoslabeného úplného odrazu (ATR) na diamantovom kryštále. Záznam pozostáva zo 64 skenov v 2 cm–1 krokoch.

Ramanova spektroskopia (RAMAN). Analýzy boli vykonané bez dodatočnej úpravy vzorky spektrometrom LabRAM-HR 800 – verzia UV-VIS-NIR vybaveného mikroskopom Olympus BX-41 s maximálnym zväčšením 100x. Mikroskop pozostáva z CCD detektora Synapse chladeného Peltierovým článkom (–70 °C) s difrakčnou mriežkou 600 vrypov/mm. Na meranie boli použité lasery s vlnovou dĺžkou 532 nm (Nd: YAG) a 633 nm (He-Ne). Celková dĺžka záznamu dosahovala 8 – 120 minút.
Prášková difrakčná analýza (PXRD). Práškové preparáty boli vložené do prístrojovej komory tak, aby sa zabránilo horizontálnemu usporiadaniu kryštálov a analyzované rtg. difraktometrom Bruker D8 Advance SolXE. Žiarenie s  napätím 40 kV a prúdom 40 mA z W vlákna dopadalo na Cu anódu s λ = 1,540562 Å. Boli zaznamenané skeny v krokoch 0,02°/0,8 s  v  rozmedzí 2  – 65°. Výsledkom merania je difrakčná tabuľka, ktorá udáva hodnoty medzirovinných vzdialeností a intenzít vo vzťahu k Millerovým indexom. Priemerné referenčné hodnoty boli vypočítané z  doposiaľ publikovaných hodnôt.
Elektrónová mikroskopia (SEM) a mikroanalýza (EDS). Na vzorky bola nanesená vrstva uhlíka, v prípade EDS boli vzorky narezané. Analýza bola vykonaná mikroskopom JEOL JSM-6390LV. Prostredníctvom mikroanalyzátora JEOL JXA 8530 F so spektrometrom SDD a rozlíšením 133 eV sa vykonala distribúcia prvkov v konkrementoch.

Výsledky

Morfologické štúdie

Pozorovanie vzoriek pod binokulárom (obrázok 1 A, B) odhalilo rozdiely v morfologických vlastnostiach konkrementov. Pozorujeme odlišné sfarbenie, vnútornú aj povrchovú štruktúru. Pri konkrementoc sú prítomné koncentrické vrstvy. Na určenie chemického zloženia bola vykonaná analýza FTIR.

Infračervená spektroskopia (FTIR) a Ramanova spektroskopia (RAMAN)
Metódou FTIR bol vo vzorke na obrázku 1A identifikovaný whewellit Ca(C2O4) · H2O. Rozdielne sfarbenie koncentrických vrstiev je spôsobené odlišnou koncentráciou Ca. Whewellit bol určený dvoma spôsobmi:

a) namerané spektrum bolo porovnané s  databázou ATRIR – Inorganics 1 – Bio-Rad Sadtler a na základe najvyššej zhody určený whewellit (obrázok 2),

b) bol identifikovaný whewellit na základe prítomnosti funkčných skupín charakteristických pre tento minerál. Vibrácie s σ = 652, 3 000 – 3 500 cm–1 reprezentujú H2O. Absorpčné maximum s σ = 779 cm–1 je charakteristickou vibráciou C–H väzby a vibrácie skupín C=O a C–O sa prejavujú v miestach s σ = 1 313 cm–1, resp. σ = 1 606 cm–1.
Vo vzorke na obrázku 1B boli svetlé koncentrické vrstvy tvorené dihydrátom kys. etándiovej C2H2O4 · 2H2O, tmavé časti tvoril whewellit Ca(C2O4) · H2O. Výsledok merania zobrazuje obrázok 3. Vibrácie s σ = 915 a 1 539 cm–1 zodpovedajú NH2 skupine. Absorpčné maximum s σ = 1 316 cm–1 patrí amidovej C–N skupine. Vibrácia s σ = 1 457 cm–1 reprezentuje CH2 skupinu. Karboxylová dvojitá C=O väzba je vyjadrená vibráciou s σ = 1 743 cm–1. Ostatné absorpčné maximá patria whewellitu.
Metódou RAMAN (obrázok 4) bola zistená prítomnosť dahlitu Ca5(PO4,CO3)3(OH) (obrázok 3) identifikáciou vibrácií fosforečnanových (PO4)–3 molekúl v miestach s σ = 433, 583, 961, 1026 cm–1. Absorpčné maximum s σ = 1 099 cm–1 je charakteristické pre (CO3)2– skupinu a  vibrácia s  σ = 1 565 cm–1 je identifikačná pre amidovú C–N–H skupinu. Vibrácie sú typické pre dahlit.

Prášková difrakčná analýza (PXRD)
Obrázok 5 zobrazuje difrakčný záznam struvitu (NH4) Mg(PO4) · 6H2O a porovnanie údajov s referenčným spektrom pre struvit získané z publikovaných priemerných hodnôt(3-6).

Elektrónová mikroskopia (SEM)
Na obrázku 6 sú viditeľné prizmatické dypyramidálne kryštály. Tento tvar je typický pre weddellit Ca(C2O4) · 2H2O, aj keď podobné kryštály môže vytvárať aj iný minerál.

Elektrónová mikroanalýza (EDS)
Výsledky EDS analýzy dokumentuje tabuľka 1 a  obrázok 7. Tabuľka 1 zobrazuje zastúpenie prvkov a oxidov na vybraných miestach vzorky. Zo získaných údajov predpokladáme na základe stechiometrických výpočtov a porovnania s databázou(7) vznik nasledujúcich minerálov: oxid vápenatý CaO, kremeň SiO2 a malé množstvá apatitu Ca5(PO4)3(OH) a anhydritu CaSO4. V miestach (C a D) s dominantným obsahom N predpokladáme vznik bližšie nešpecifikovanej organickej zložky a kremeňa SiO2. Obrázok 7 zachytáva rozmiestnenie prvkov vo vzorke a ich vzájomnú afinitu. N a Ca preukazujú vysokú afinitu k O, Si sa ukladá v okrajových čas-tiach NO a CaO tvorí samostatnú jednotku.

Diskusia a záver

Metódu morfologických štúdií využívame ako doplnkovú podobne ako iní autori (8). Výhodou je nízka cena analýzy, jednoduchosť obsluhy, nenáročné hodnotenie výsledkov a krátky čas merania (do 10 min.). Ak na povrchu konkrementu nie sú dostatočne vyvinuté kryštálové tvary, metóda nepostačuje na presnú analýzu konkrementov.
Metóda FTIR spĺňa predpoklady na rutinné používanie a považujeme ju za najlepšiu metódu na analýzu konkrementov(1,9). Poskytuje údaje na semikvantitatívnej úrovni (má vysokú špecificitu a senzitivitu) a minimalizuje množstvo chýb v porovnaní s chemickou titračnou analýzou(10,11). Je relatívne lacná (15 €/analýza)(12), jednoduchá na obsluhu, hodnotenie výsledkov je stredne náročné, vzorka vyžaduje homogenizáciu a meranie trvá < 10 min. Namerané hodnoty sú podobné ako publikované údaje(13,14).
RAMAN poskytuje v porovnaní s FTIR výsledky na kvantitatívnej úrovni so senzitivitou 96,3 % a špecificitou 98,5 – 99,5 %(15). Cena analýzy je 17 €/vzorku(16), merania možno robiť bodovo, vzorky nevyžadujú špeciálnu úpravu a analýza aj následné hodnotenie výsledkov sú stredne náročné. Nevýhodou je dĺžka merania, ktorá môže byť v rozmedzí 10 – 180 min. Na použitie metódy RAMAN a FTIR postačuje množstvo vzorky ≥ 0,5 mm3(17) a metódy sú vhodné na analýzu liekových a  iných menej častých konkrementov. Hodnoty a  intenzita vibrácií sú totožné sa zhodujú s meraniami iných autorov(18).
PXRD analýza je kvalitná kvantitatívna metóda na identifikácii štruktúry kryštalickej látky. Meranie trvá 20  – 180 min a predlžuje sa s klesajúcou hmotnosťou vzorky. Cena analýzy je 50 €/vzorku(15), konkrement je potrebné homogenizovať, analýza je stredne náročná a hodnotenie výsledkov náročné. Nevýhodou je nemožnosť merania amorfných konkrementov(19,20). Namerané hodnoty sú dostatočne podobné priemerným hodnotám z doposiaľ publikovaných prác v rámci databázy AMCSD(21).
Metóda SEM poskytuje fotografie vo vysokom rozlíšení (dokáže rozlíšiť komponenty s veľkosťou od 1 nm). Dĺžka analýzy stúpa so zvyšovaním chemickej heterogenity konkrementu a trvá 20 – 120 min. Cena 1 analýzy je 20 €(16), je potrebné naparenie vzorky uhlíkom, je náročná na obsluhu aj hodnotenie výsledkov(22,23). Kryštály na SEM fotografii sú tvarom podobné kryštálom weddellitu z iných publikácií(24) a databáz(25).
Metóda EDS ponúka kvantitatívne výsledky chemického zloženia a distribúciu vybraných prvkov. Dĺžka analýzy (30 – 120 min.) podobne ako pri SEM stúpa chemickou heterogenitou konkrementu. Povrch vzorky je potrebné upraviť, aby bol hladký, a napariť uhlíkom. Cena 1 analýzy je 20 €, meranie a vyhodnocovanie výsledkov je relatívne náročné(16,23). Výsledky EDS tabuľky pre jednotlivé merané body sú pri porovnaní s databázou dostatočne zhodné(7). Obrázok 7 zobrazuje rozloženie prvkov a ich vzájomnú afinitu a pomáha lepšie pochopiť vznik konkrementu.
V porovnaní so zastaranou(1) chemickou titračnou analýzou sú všetky opísané metódy výskumu močových konkrementov kvalitatívne lepšie. Nedochádza k takému vysokému množstvu chýb – falošne pozitívnym a falošne negatívnym výsledkom. V slovenských laboratóriách vždy prevažuje používanie chemickej titračnej analýzy. Týmto sme chceli ponúknuť iné, spoľahlivejšie možnosti analýz močových konkrementov.

Grantová podpora
Výskum bol podporený grantmi KEGA 008UPJŠ-4/2020, KEGA 010UPJŠ-4/2021 a VVGS VUaVP35 2020-1653.

 

LITERATÚRA

1. Türk C, Neisius A, Petrik A, et al. EAU Guidelines on Urolithiasis. 2021st ed. EAU Guidelines Office; 2021.

2. Gilad R, Williams JC, Usman KD, et al. Interpreting the results of chemical stone analysis in the era of modern stone analysis techniques. J Nephrol 2017; 30(1): 135-140.

3. Ferraris G, Fuess H, Joswig W. Neutron diffraction study of MgN-H4PO4.6H2O (struvite) and survey of water molecules donating short hydrogen bonds 1986; 42(3): 253-258.

4. Mathew M, Schroeder LW, IUCr. Crystal structure of a struvite analogue, MgKPO4.6H2O. Acta Cryst 1979; 35(1): 11-13.

5. Whitaker A, Jeffery JW, IUCr. The crystal structure of struvite, MgN-H4PO4.6H2O. Acta Cryst 1970; 26(10): 1429-1440.

6. Graeser S, Postl W, Bojar H-PB, et al. Struvite-(K), KMgPO46H2O, the potassium equivalent of struvite a new mineral. Eur J Mineral 2008; 20(4): 629-633

7. http://webmineral.com/chemical.shtml

8. Cruz-May TN, Herrera A, Rodríguez-Hernández J, et al. Structural and morphological characterization of kidney stones in patients from the Yu-catan Maya population. J Mol Struct 2021; 1235: 130267.

9. Kravdal G, Helgø D, Moe MK. Infrared spectroscopy is the gold standard for kidney stone analysis. Tidsskr Den Nor legeforening 2015; 135(4): 313-314.

10. Khan AH, Imran S, Talati J, et al. Fourier transform infrared spectroscopy for analysis of kidney stones. Investig Clin Urol 2018; 59(1): 32-37.

11. Primiano A, Persichilli S, Gambaro G, et al. FT-IR Analysis of Urinary Stones: A Helpful Tool for Clinician Comparison with the Chemical Spot Test. Dis Markers 2014; 2014: 1-5.

12. https://www.ruvzke.sk/sites/default/files/cennik/cennik.pdf

13. Sekkoum K, Cheriti A, Taleb S, et al. FTIR spectroscopic study of human urinary stones from El Bayadh district (Algeria). Arab J Chem 2016; 9(3): 330-334.

14. Muthuselvi C, Arunkumar A, Rajaperumal G. Growth and Characterization of Oxalic Acid Doped with Tryptophan Crystal for Antimicrobial Activity. Chem Sin 2016; 7(4): 55-62.

15. Cui X, Zhao Z, Zhang G, et al. Analysis and classification of kidney stones based on Raman spectroscopy. Biomed Opt Express 2018; 9(9): 4175.

16. http://www.geo.sav.sk/wp-content/uploads/Cennik-UVZ-SAV.pdf.

17. Castiglione V, Sacré PY, Cavalier E, et al. Raman chemical imaging, a new tool in kidney stone structure analysis: Case-study and comparison to Fourier Transform Infrared spectroscopy. PLoS One 2018; 13(8).

18. Kalimullina AR, Pisareva EV, Timchenko EV, et al. Experimental studies of hydroxyapatite by Raman spectroscopy. J Opt Technol 2018; 85(3): 130-135.

19. Uvarov V, Popov I, Shapur N, et al. X-ray diffraction and SEM study of kidney stones in Israel: Quantitative analysis, crystallite size determination, and statistical characterization. Environ Geochem Health 2011; 33(6): 613-622.

20. Srivastava A, Swain KK, Vashisht B, et al. Studies of kidney stones using INAA, EDXRF and XRD techniques. J Radioanal Nucl Chem 2013; 300: 191-194.

21. Downs RT, Hall-Wallace M. The American Mineralogist Crystal Structure Database. Am Mineral 2003; 88: 247-250.

22. Singh VK, Rai PK. Kidney stone analysis techniques and the role of major and trace elements on their pathogenesis: a review. Biophys Rev 2014; 6(3-4): 291-310.

23. Racek M, Racek J, Hupáková I. Scanning electron microscopy in analysis of urinary stones. Scand J Clin Lab Invest 2019; 79(3): 208-217.

24. Saffo MB, Lowenstam HA. Calcareous Deposits in the Renal Sac of a Molgulid Tunicate. Science 1978; 200(4346): 1166-1168.

25. https://www.mindat.org/gm/4254